Mateusz Rutkowski zadebiutował w Pucharze Świata 10 stycznia 2004 roku w Libercu, zajmując 37. miejsce. Dzień później wywalczył swój pierwszy punkt do klasyfikacji generalnej cyklu. Najlepszy wynik zanotował 18 stycznia 2004 roku na Wielkiej Krokwi w Zakopanem, kiedy to został sklasyfikowany na piętnastej pozycji.

 

 

 

Największym sukcesem w karierze Mateusza Rutkowskiego były mistrzostwa świata juniorów rozegrane w lutym 2004 roku w Strynie. W konkursie indywidualnym wywalczył złoty medal, pokonując, będącego już wówczas skoczkiem światowej czołowki, Thomasa Morgensterna. Na tym samym czempionacie zdobył również srebrny medal w drużynie wspólnie z Kamilem Stochem, Stefanem Hulą i Dawidem Kowalem.

 

Mateusz Rutkowski wystąpił również na mistrzostwach świata w lotach narciarskich w Planicy w 2004 roku, zajmując 28. miejsce indywidualnie oraz ósme drużynowo. Podczas czempionatu mistrz świata juniorów ustanowił swój rekord życiowy w długości lotu - 201,5 metra.

 

Kolejne sezony nie były jednak udane dla mistrza świata juniorów. Na mistrzostwach świata w Oberstdorfie w 2005 roku nie zdołał awansować do serii finałowej konkursów indywidualnych. Po sezonie 2004/2005 Mateusz Rutkowski został wykluczony z kadry narodowej reprezentacji Polski z powodu problemów związanych z nadwagą, dyscypliną i alkoholem. Po raz ostatni w zawodach FIS zaprezentował się w 2006 roku, zajmując 32. pozycję w Letnim Pucharze Kontynentalnym w Velenje.

 

 

W ostatnich latach Mateusz Rutkowski był członkiem zarządu Klubu Sportowego Rutkow-ski, którego prezesem jest jego brat i również były reprezentant Polski, Łukasz.